Prevalencia, distribución y caracterización molecular de los virus de las encefalitis equinas del este, oeste y venezolana en Costa Rica - León Rodríguez, Bernal Alberto (2023)
Los virus de las encefalitis equinas del Este (EEEV), Oeste (WEEV) y Venezolana (VEEV) pertenecen al género Alfavirus, familia Togaviridae, son agentes zoonóticos, que ocasionan infecciones importantes desde Norte América, Centro América, las islas del Caribe y Sudamérica (Aguilar et al., 2011; Figueiredo, 2007; Strauss & Strauss, 1994). En Costa Rica producen brotes periódicos en diferentes regiones del país. Estos brotes afectan principalmente a equinos y esporádicamente a seres humanos Este estudio se centró en los dos Alfavirus que mostraron estar presentes en el país, el EEEV y el VEEV. En la primera parte del proyecto se confirmó la presencia, prevalencia y distribución geográfica de estos virus, así como la frecuencia con que se presentan los casos o brotes y posibles patrones de estacionalidad y factores de riesgo asociados a estas infecciones, basados en dos estudios serológicos uno de tipo transversal y otro longitudinal. Ambos estudios se llevaron a cabo a partir de ELISAs para la detección de IgG, IgM y pruebas de neutralización viral. En la segunda parte del proyecto realizó un análisis filogenético, para conocer las relaciones evolutivas entre los diferentes subtipos del complejo I del VEEV, se estableció el origen y el tiempo de los ancestros comunes más recientes (TMRCA), además de identificar posibles mutaciones asociadas con la patogénesis del VEEV. Para ello se compararon pruebas de RT-PCR universales descritas previamente para seleccionar el mejor RT-PCR en términos de sensibilidad y especificidad, se implementaron métodos de secuenciación de Sanger y de nueva generación, y se utilizaron programas bioinformáticos y bases de datos. Finalmente, en la tercera etapa del estudio se generó un modelo de nicho usando el programa MaxEnt que permitió identificar áreas geográficas dónde pueden ocurrir nuevos brotes del VEEV a partir de datos de presencia de VEEV establecidos en este estudio.