Identificación de genes candidatos de compensación de dosis génica en un modelo in vitro de cáncer de mama expuesto a daño genotóxico
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| Formato: | tesis de maestría |
| Fecha de Publicación: | 2025 |
| Descripción: | La inestabilidad genómica un fenómeno ampliamente distribuido en las células de cáncer, más del 90% de los tumores sólidos y un 75% de tumores hematopoyéticos se asocian a aneuploidía. En células sanas la inestabilidad del ADN tiene propiedades antitumorales, que induce muerte celular, pero en algunas condiciones, puede adquirir propiedades protumorales. El aumento de la inestabilidad genómica en cáncer se asocia con peores pronósticos clínicos, mayor quimioresistencia y mayor potencial para el desarrollo de metástasis. Se ha hipotetizado que la compensación de dosis génica podría explicar esta paradoja. La presente tesis de investigación propone que ante daño genotóxico las células de cáncer de mama inducen el fenómeno de compensación de dosis génica que contribuye al proceso de proliferación celular. Para esto se propuso un modelo de inestabilidad genómica acelerada en la línea celular HS-578T de cáncer de mama, en el cual se realizó un tratamiento con distintas dosis de cisplatino y etopósido y se evaluó la heterogeneidad celular inducida por los tratamientos. Para esto se evaluaron los cambios a nivel del ciclo celular, un índice de heterogeneidad normalizado y las anormalidades estructurales del cariotipo celular. El índice de heterogeneidad se calculó a partir de los datos de fluorescencia de una doble tinción de ADN y los parámetros de forward y side scatter; se seleccionó la población G1 y mediante un modelo de mezclas gaussianas se agruparon las subpoblaciones celulares identificadas en G1, en estas cuatro dimensiones. Los resultados en conjunto permitieron identificar que el modelo fue capaz de inducir un aumento en el número de subpoblaciones celulares e inducir un aumento en la complejidad de las alteraciones estructurales del cariotipo. Se seleccionaron las dosis de cisplatino 6 y 8 µM y de etopósido 4 y 6 µM debido a que fueron capaces de inducir inestabilidad genómica y para las que previamente se ha demostrado que permiten la sobrevivencia y proliferación de las células de cáncer. Para las dosis seleccionadas en el modelo, se realizó la secuenciación del transcriptoma y exoma completo, con el objetivo de identificar una lista de genes candidatos de compensación de dosis génica inducidos por el modelo de inestabilidad genómica acelerada. Se realizó un análisis de expresión diferencial con DESeq2 y un análisis de inferencia del número de copias con CNVkit. El análisis de compensación de dosis génica se realizó a partir del análisis de expresión diferencial, donde se seleccionaron los genes con un p > 0.05, en los que no hay un cambio estadísticamente significativo en la expresión respecto al control sin tratamiento, y a partir de la inferencia del número de copias, a partir del cual se seleccionaron los exones con un log2 ratio mayor a cero, que corresponde a los exones en los que aumentó el número de copias respecto al control sin tratamiento. Se seleccionaron los genes en los que el 100% de los exones que lo componen tuvieron un aumento en el número de copias. Se identificó una lista de genes candidatos de compensación de dosis génica, en los que hubo un aumento en el número de copias de todos sus exones, sin un cambio estadísticamente significativo en la expresión. Se realizó un perfil funcional de los genes identificados mediante KEGG, las vías funcionalmente enriquecidas en la lista fueron Hippo, Wnt y PPAR. Se realizó un análisis en BioNet UCR para identificar los factores de transcripción y las redes de regulación de estos genes, donde se identificó GRHL2, NR3C1, GATA3, MYB, MYC y PPAR. A partir de la lista de genes identificada en la presente tesis se podrían realizar estudios de validación para confirmar la compensación, identificar los mecanismos y el efecto en progresión tumoral. |
| País: | Kérwá |
| Institución: | Universidad de Costa Rica |
| Repositorio: | Kérwá |
| Lenguaje: | Español |
| OAI Identifier: | oai:kerwa.ucr.ac.cr:10669/101650 |
| Acceso en línea: | https://hdl.handle.net/10669/101650 |
| Palabra clave: | Cáncer Biología celular y molecular Transcriptómica Exoma Aneuploidía |